Erro 539 Mdf-e

Olá , preciso de uma ajuda!

Acabei fazendo um mdf-e no programa da versão antiga (não sabia da utilização da nova versão desde o começo do mês), tentei transmitir e apareceu o erro 539 - Duplicidade de NF-e, com diferença na Chave de Acesso..
Pesquisando sobre a causa do erro vi que existe a versão 3.0 instalei a nova versão e cancelei o manifesto feito na versão antiga e emiti na versão 3.0 porém aparece o mesmo erro quando transmito, o transportador acabou indo com o manifesto em contingencia , mas como resolver esse erro ????? Alguém teve o mesmo problema ?