Amigo, eu não entendi bem o seu problema. Poderia ser mais claro ?
Bom, você tem os arquivos do Sintegra, os arquivos .TXT ? Seu Sintegra foi apresentado à época, com erros ?
Tendo o arquivo TXT do Sintegra que você quer conferir, no aplicativo do Sintegra ao validar o arquivo, tem um resumo dos valores, por CFOP por exemplo. Comparando esse resumo com seu livro de apuração de ICMS, você já conseguiria identificar as possíveis divergências.
De outra sorte, seria o caso de importar esses arquivos TXT do Sintegra para uma aplicação de escrita fiscal, para facilitar e agilizar as conferências, e talvez, seja o caso de gerar os arquivos do Sintegra novamente, no modo retificação.
Enfim, isso são sugestões para solução. Precisaria entender bem a sua situação, que você fosse mais claro, para ficar mais fácil a nossa compreensão para lhe orientar ou ajuda-lo.
TXT - São os arquivos gerados para validador Sintegra, as vezes transmitidos pelo TED para Sefaz.
Enfim, forma de automatizar ou agilizar seu trabalho, tem sim, mas precisaria entender bem a sua situação, sua dificuldade, para tentar orienta-lo ou ajuda-lo.