Divergência entre ECD e ECF, coo resolver?

Entregaram a ECD de 2023 esse ano em atraso sem as devidas provisões de impostos/Tributos, ai voltou e corrigiu a contabilidade e lançou as provisões e fechou o período. A questão é como já passou do prazo para retificar a ECD, como devo proceder agora? Porque ai quando tiro o arquivo da ECF do meu software e lanço no PVA da ECF fazendo a recuperação da ECD esta dando divergência nas bases de calculo. como proceder nesse caso? Porque querendo ou não na ECD vai estar uns valores e na ECF estão outros valores distintos. A Empresa esta com CNPJ inapto por falta de entrega da ECF. Agradeço.