SPED FISCAL – IPI Comercio Varejista

Quando uma empresa do varejo compra de uma indústria produtos para consumo ou revenda e na nota vem o destaque do IPI, esse IPI não é lançado já que não apura esse imposto, com isso o valor dos produtos fica diferente do valor total da nota.
O EFD não apresenta erro nem advertência quando o valor não é preenchido, mas ao tentar importar esse arquivo para meu sistema contábil ele da problema.
Alguém faz esse procedimento de importação do EFD para seu sistema contábil e deu diferenças, se sim... Como fez para resolver?

Desde já obrigado pela ajuda!