Andre Fabricio,
Acredito eu que o funcionário da prefeitura está errado ao exigir isto.
Sua empresa pode simplesmente ter várias atividades no contrato social mas exercer atualmente apenas duas ou três, tornando desnecessário colocar todos os códigos.
Outro detalhe é que, se fosse obrigado a colocar todos os códigos, a sua inscrição no CNPJ não seria deferida pela RFB.
Não sei te passar agora se existe uma base legal para isto, eu conheço a prática deste caso.
É o seguinte: pelo menos aqui em MG, se a empresa for constituída como empresário, não tem como colocar várias atividades, existe um limite de CNAE no programa da Junta Comercial. Já se a empresa for uma sociedade limitada, não existe este limite, você pode colocar o tanto de CNAE's que for necessário.