O Manual de Orientação do Contribuinte - versão versão 2.00, exige o destaque do ICMS, contudo, a favor da UF de origem. Não é para pagar para a unidade federada onde a transportadora está inscrita, mas para o Estado onde iniciou o serviço de transporte.
Observe a pagina 133 do MOC, ver link a seguir:
sped.rfb.gov.br
Obs. Entendo que esse destaque é apenas administrativo, não é fiscal. Não gera crédito para o tomador do serviço, é um ICMS substituição tributária, uma vez pago, acabou. Não serve para apuração, é apenas para arrecadar para o Estado de origem e pronto, acabou.
Imagine se o tomador for do Estado de origem, ou seja, o Estado arrecadaria com uma mão e devolveria com a outra em forma de crédito.
Agora, imagine que o tomador fosse de um outro Estado, o Estado de origem arrecada o ICMS e o outro Estado bancaria esse ICMS em forma de crédito.
Não faz sentido, portanto, uma vez pago para a origem encerra-se a cadeia de tributação.
Crédito fiscal apenas se essa transportadora fosse do Estado de origem, então, o crédito seria devido para o tomador.