Wanderson bom dia !!
Quando se faz o desenquadramento do MEI no portal do MEI lá automaticamente sua empresa passar a ser ME, mais você quando isso acontece se tem que fazer uma carta para junta informando sobre esse desenquadramento e dar entrada e junto com isso preencher um formulário com as informações pessoa da empresa mais as informações pessoal da empresa e dar entrada na JCESP (JUNTA COMERCIAL DO ESTADO DE SÃO PAULO), quando esse documento for deferido se tem que fazer uma alteração contratual no caso de empresa empresário individual alterando o nome da empresa por que o MEI ele trás o nome pessoal da pessoa e o CPF na frente não é ? Então se tem que fazer esse alteração contratual no caso do nome da empresa e se desejar alterar mais alguma coisa como endereço, capital, objetivo social também pode.