Empregador com Múltiplos Vínculos x calculo do IR

Olá..

seguinte, uma duvida que tenho sobre a questão de múltiplos vínculos do empregador.
tenho um cliente que é sócio na empresa A e Sócio na empresa B.

Salário de contribuição empresa A R$ 2.822,90 INSS R$ 310,51 IR R$ 45,62
Salário de contribuição empresa B R$ 2.822,90 INSS R$ 310,51 IR R$ 45,62

com o e-social devo informa os rendimentos da empresa B na A e da empresa A na B.
quanto a questão de desconto do IR e INSS, cada empresa desconta sua contribuição ?
uma empresa pode somar as duas rendas e descontar o IR em apenas uma única empresa ?

No caso como você apresentou, sim, cada empresa prestará as próprias informações e fará as retenções.
Caso o valor retido do INSS ultrapassasse o teto de contribuição, desde já deveria ser informado em SEFIP o duplo vínculo, com informação do CNPJ da outra fonte pagadora qual o rendimento bruto e a base de desconto do INSS. Desta forma o SEFIP calcula o INSS proporcional e o teto da contribuição não é ultrapassado.
Em seu sistema de folha, esta informação alteraria o desconto de INSS de uma das empresas, alterando assim, a base e o desconto do IR.
A preocupação maior neste caso não é o IR, pois ele não tem teto de desconto e o contribuinte pode resolver no outro ano, na declaração de ajuste.