Júlio,
A "venda" de uma empresa pode ser feita de pelo menos dois modos:
(a) os antigos sócios (pessoas físicas ou jurídicas) vendem ações ou quotas e embolsam o dinheiro - neste caso eles pagam imposto sobre o ganho de capital, como pessoa física ou jurídica
(b) a outra possibilidade é a admissão de um novo sócio que adquire capital novo, isto com a emissão de novas ações ou quotas. Nesse caso não há tributação na sociedade e ela só emitirá nota fiscal se o pagamento do valor subscrito for feito em bens móveis. O sócio novo poderá, eventualmente, ter de pagar tributo sobre ganho de capital se entregar bens (móveis ou imóveis); neste o caso, o ganho será a diferença, para mais, entre o valor da declaração de rendimentos e o valor pago para integralização do capital.