Martins,
As sociedades são juridicamente independentes. Se uma contrata o pagamento de obrigação por conta de outra, adquire um direito de crédito.
Se entendo a operação, os registros são:
Na apropriação da folha de pagamentos pela controladora:
D: Salários (custo ou despesa)
C: Salários a Pagar
Pelo pagamento feito por terceiro:
D: Salários a Pagar
C: Empréstimos a Pagar - Coligada
No pagamento do empréstimo:
D: Empréstimos a Pagar - Coligada
C: Caixa Bancos
Na contabilidade da coligada:
Pela concessão do empréstimo:
D: Valores a receber - controladora
C: Bancos Conta Movimento
Pelo recebimento do empréstimo:
D: Bancos conta Movimento
C: Valores a Receber - Controladora
Perceba que esse empréstimo constitui mútuo, e, portanto, é exigível o pagamento de IOF e IR na fonte sobre eventuais juros contratados.