Roseli,
Você tocou em um ponto importante, pertinente e discutível nos dias atuais:
O valor a ser oferecido à tributação do simples nacional deveria ser retirado das NF's de saída e, a partir delas, segregar exclusivamente o que é SUBSTITUIÇÃO TRIBUTÁRIA das demais classificações( Isento, redução de base de cálculo e normalmente tributável).
Ademais, tudo o que vier a ser feito é questionável pelo fisco ( que não tem como fiscalizar um universo tão grande de pequenas empresas ).
Uma opção a isso, (saliento, questionável), já que o tributo é declaratório ( eles vão calcular o SN em cima do valor que você declarar ) seria você calcular o percentual do que entra e utilizar esse percentual em cima da suposta venda.
Se de uma compra de 500,00 temos 400,00 substituição, isto indica que 80% da compra é ST e 100,00 é Tributado normalmente, levando isto para as saídas, em 2000,00, teríamos 1600,00 ST e 400 Tributação normal.