Emissão de notas fiscais

Bom dia,

Trabalho em uma empresa do ramo da piscicultura no Estado de São Paulo, estamos adquirindo a mercadoria de um produtor rural (peixes), emitiremos uma nota de compra sobre a nota do produtor, em seguida iremos emitir uma nota de remessa para a industrialização para uma outra empresa localizada em São Paulo, apos a industrialização a mercadoria deve retornar simbolicamente da industrialização para faturamento, mas o produto continuara na unidade que fez a industrialização.

A minha duvida é na emissão do faturamento, qual código fiscal utilizado?Posso faturar por um lugar e a mercadoria estar em outro?por favor, preciso de uma orientação, me encaminhar a base legal.

Obrigado.