Novamente ISS

Boa noite para todos!

Estou com um problema que está me tirando o sono, e com certeza o de muita gente.
Tenho uma ME estabelecida em Juquitiba, essa é uma empresa individual e me serve para trabalhar em casa.
Moro em um sitio, portanto não tenho IPTU ou outros documentos e telefone que são exigidos para um cadastro na prefeitura de SP.
Meus contratantes sempre são de outros municípios, onde sempre é retido os impostos.
Minha empresa tem CNAEs 6311900 e 3314709, acredito que se enquadra em Informática, faço tratamento de informações, etc.
Desde de 2009, quando o ISS é retido em outro município, principalmente em SP, meu contador tem emitido o DARF como já sendo recolhido.
Daí vem meu grande problema, a prefeitura de Juquitiba está me cobrando novamente esses ISS e me alegam que está nas leis municipais, enquanto que a de SP e demais não abrem mão do recolhimento.
Alguém conseguiria me auxiliar para entender exatamente onde devo efetuar o recolhimento e qual delas está correta?
Observo que os contadores, tanto o meu, quanto o dos contratantes me dizem que devo acatar o recolhimento e ainda pagar para Juquitiba, mas entendo que isso é bi-tributação.
O que devo fazer?

Boa tarde Luciano!
Qual é o código da atividade que você exerce?
E o serviço é realizado em qual município?

Oi Sr. Luciano J Oliveira, informo que a prefeitura de SP bem como a do Rio de Janeiro e de Curitiba adotaram um novo modelo de tributação cujo qual todo e qualquer prestador de serviço de outras prefeituras devem se cadastrar. Desta forma ao emitir notas eles seguem com uma unica tributação( retida ou não retida). Essas prefeituras seguem esse modelo pois para elas é mais fácil identificar as possíveis fraudes. Desta forma o que o Sr. deve fazer em primeiro lugar é o seu cadastro como prestador nessa prefeitura.