retenção de ISS

teve inauguaração de uma filial em queimados, e contratamos um fornecedor de queimados para prestar um serviço. Acontece que na hora da emissão da nota fiscal, ele emitiu a nota contra a Matriz que é do RJ.
o que eu devo fazer? mandar ele acertar a nota, ou sou obrigado a pagar o iss para a prefeitura que ele emitiu a nota e ele se resolve com a prefeitura de onde o serviço foi prestado ?

Tente primeiramente o cancelamento da nota fiscal.

mas a nota ja foi paga

Qual tipo de serviço foi prestado?

refeição.

Se esse serviço não estiver enquadrado na excessões, que o imposto é devido no local da prestação de serviço.(art.3º lei inc. I ao XXII Lei Complementar 116/2003.)A resposabiliade de pagamento do ISSQN é do prestador.
Portanto vc não está obrigado a pagar o imposto e sim o prestador.
Obs: Imposto devido em Queimados.

entendi. como eu faço pra saber isto?

Esse serviço o imposto é devido em Queimados mesmo.O prestador que deve recolher.
OK.

Vc pode Consultar Lei Complementar 116/2003 ou Código Tributário Municipal do Municipio de Queimados.

o fornecedor sendo do municipio do tomador o imposto é devido?

Sim, o serviço considera-se prestado e o imposto devido no local do estabelecimento prestador(Municípo de localidade de ambos). Nesse caso o que pode acontecer é a rentenção* do ISSQN. Em vez de o prestador recolher o imposto, quem recolhe é o tomador do serviço.

* Prestador e tomador do mesmo mucípio. OK

qndo o fornecedor presta serviço dentro do proprio municipio, tem iss??

Sim.

pelo que entendia , o que foi me passado,que nã tem iss , quando o prestador for alocado no local do serviço prestado.