Deixa eu ver se entendi!
A empresa prestou serviços para outra empresta prestadora de serviços, ambas contribuintes do ISS. Porem vcs destacaram ISS na nota com retenção ou seja, tributada no tomador e assim pagaram vcs descontando a diferença do ISS que eles tem que recolher. Se isto foi feito vcs nao tem que recolher o ISS pois a retenção do imposto nada mais é que transferir a obrigação ao seu cliente. Se vc recolher o imposto novamente haverá uma pagamento em duplicidade. Creio ter te ajudado, mas caso eu ainda nao tenha entendido me explique novamente.