Notas fiscais de entrada

Boa tarde, estou participando do processo de implantação na empresa em que trabalho, estamos agora implantando o setor fiscal, porém tenho alguma dúvidas.

1 - hoje a empresa recebe as notas fiscais e enviam para o escritório responsável pela contabilidade, porém a empresa somente envia após o pagamento da nota, e ja verifiquei que tem notas por ex de ISS que a emissão é dia 10/06 mas o pagamento é no dia 05/07 ou seja ela é somente enviada no dia 06/07, caso o escritório não receba essa nota rápido pode passar o periodo de apuração de algum imposto correto? eu gostaria de saber como funciona nas empresas em que voces trabalham, qual q rotina dessas notas de entrada desde o recebimento pelo setor de compras até a contabilidade.

Se puderem me ajudar agradeço muito, obrigado.

Olá Pedro, as notas deverão ser enviadas assim que encerrar o mês, como você mesmo falou, vai ficar imposto fora do período de apuração, sem falar nos outros problemas que isto acarreta, como lançamentos fora do período de competência e problema com as obrigações acessórias.
Normalmente as empresas mandam as notas depois do último dia do mês, as duplicatas são enviadas somente depois do pagamento e o registro feito no sistema da empresa.