Kátia, bom dia.
Levando-se em conta o art. 117 do RICMS/SP.
Entendo que havendo saldo credor do imposto, o recolhimento do Diferencial não existirá.
Veja:
Artigo 117 - Em caso de entrada, real ou simbólica, de mercadoria oriunda de outro Estado, destinada a uso, consumo ou integração no ativo imobilizado, ou de utilização de serviço cuja prestação se tiver iniciado fora do território paulista e não estiver vinculada a operação ou prestação subseqüente alcançada pela incidência do imposto, sendo a alíquota interna superior à interestadual, o contribuinte deverá escriturar no livro Registro de Apuração do ICMS, no período em que a mercadoria tiver entrado ou tiver sido tomado o serviço (Lei 6.374/89, art. 59):
I - como crédito, no quadro "Crédito do Imposto - Outros Créditos", com a expressão "Inciso I do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto pago em outro Estado, relativo à respectiva operação ou prestação;
II - como débito, no quadro "Débito do Imposto - Outros Débitos", com a expressão "Inciso II do Art. 117 do RICMS", o valor do imposto decorrente da aplicação da alíquota interna sobre a base de cálculo correspondente à operação ou prestação aludida no inciso anterior.
§ 1º - O documento fiscal relativo à operação ou à prestação será escriturado no livro Registro de Entradas, devendo ser anotado, na coluna "Observações", o valor correspondente à diferença do imposto devido a este Estado, com utilização das colunas sob os títulos "ICMS - Valores Fiscais" e "Operações ou Prestações sem Crédito do Imposto" (Redação dada ao § 1º pelo inciso II do art. 1º do Decreto 46.295 de 23/11/2001; DOE 24/11/2001; efeitos a partir de 01/01/2001)
Se você vai considerar o valor do diferencial na sua apuração mensal, como discriminado acima, então no saldo final do imposto a recolher, já estará incluído o diferencial de alíquotas. Se der saldo credor, então não há o que recolher.