Com relação ao extravio, cada Prefeitura tem uma sistemática quanto a este assunto.
Como voê é e São Paulo veja se isto serve:
Ocorrendo o extravio de Notas Fiscais, livros e demais impressos e documentos fiscais, assim como a sua perda, inutilização ou entrega na repartição fiscal para inutilização, o contribuinte do ICMS deverá escriturar e documentar a ocorrência no livro Registro de Utilização de Documentos Fiscais e Termos de Ocorrência, modelo 6.
Se for contribuinte do IPI deverá também comunicar o extravio, a deterioração ou destruição "não intencional" de livros e demais impressos e documentos fiscais, por escrito e detalhadamente, à unidade da Secretaria da Receita Federal que tiver jurisdição sobre o estabelecimento, dentro de quarenta e oito horas subseqüentes à ocorrência.
Outra recomendação importante é fazer a comunicação de extravio ou perda de seus documentos fiscais à praça, através de publicação em jornal de grande circulação em sua região, a fim de informar o ocorrido a quem possa interessar, evitando, assim, possíveis acusações, como a conivência na utilização indevida desses documentos.
No caso de perda da Nota Fiscal durante o transporte da mercadoria, esta não poderá ser entregue ao destinatário, por estar desacompanhada do documento fiscal.
Neste caso, o destinatário também não poderá creditar-se do ICMS relativo a essa Nota Fiscal, pois a apropriação do crédito está condicionada à apresentação da 1ª (primeira) via do documento.
O emitente deverá retornar com a mercadoria ao seu estabelecimento e emitir Nota Fiscal (de entrada), mencionando os dados da Nota Fiscal extraviada, podendo, assim, apropriar-se do débito do imposto anteriormente destacado; depois poderá emitir nova Nota Fiscal (de saída) a fim de documentar a operação com a saída da mercadoria.