Sintegra gerado sem produto, fui notificado, como proceder?

Olá, bom dia!

tem um cliente nosso q é do simples nacional, esta obrigado a emissão de ECF, porem ele nunca mandou o arquivo cat 52, então estávamos lançando manualmente, no mês passado a empresa foi notificada. Entramos em contato com o cliente é o mesmo disponibilizou os arquivos a serem importados, importamos e encontramos a diferença.

Estava recolhendo um valor menos.
O sintegra estava gerado sem produtos.
Já foi feito os livros de 2012.

Minha pergunta p/ vcs são, como eu devo proceder? devo recalcular todas as diferenças no imposto? devo geral outro sintegra pois estava gerando sem produtos?