Boa noite Hamilton.
O regulamento deixa claro que as empresas obrigadas a emissão do ECF só podem emitir o comprovante do cartão pela impressora do Cupom. Portanto, fica claro a proibição de se manter a maquineta, além de não ser interessante devido a mensalidade que o empresário paga pela maquineta.
Nos casos como você mencionou a empresa deve registrar todas as vendas com cartão no ECF com o TEF e para os clientes que pedirem a NF-e emitir a NF em substituição ao cupom, fazendo referencia deste no campo informações complementares, bem como informando o nº do cupom ou dos cupons no campo de documentos referenciados na NF-e.
Neste caso toda a tributação acontece pelo Cupom fiscal, e a nota é emitida com o CFOP 5.929/6.929
Não vejo outra saída, uma vez que a empresa é obrigada ao ECF fica automaticamente obrigada ao TEF.