Emissão de Nota Fiscal com IE errada

Boa tarde!
um cliente emitiu uma nota fiscal para um contribuinte do Estado do Mato Grosso, parece que houve algumas alteração nas inscrições estaduais, e meu cliente não se atentou em atualizar o cadastro, ele emitiu a nota e enviou a mercadoria ao destino, chegando na barreira a mercadoria foi apreendida, agora ele tem que emitir uma nova nota com a Inscrição Estadual correta, ate aqui tudo bem. Minha duvida e como faço para cancelar a primeira operação para não pagar o imposto 2x na mesma operação?
fico com receio de emitir uma nota de entrada, pois os dados da nota tem que ser o mesmo da Saida lembrando que que a inscrição estadual esta errada.

Alguem ja passou esta sutuação???