Olá Miriam,
Quando tu paga indevidamente o ISS, depende de prefeitura pra prefeitura o procedimento, face ficar a cargo da administração pública o procedimento municipal. Mas em geral o procedimento geral é o seguinte:
- Tu pode fazer uma requisição à prefeitura para que estorne esse valor (se foi pago a maior)
- Anexa os comprovantes de pagamento
- Anexa demais documentos que provem o pagamento indevido.
- Se foi pago a menor, faz uma declaração e apresenta exatamente o que apresentaste aqui: as bases, alíquotas, valores pagos e diferença remanescente.
- Protocola o pedido na prefeitura
- De preferência já pega uma guia no balcão, ou com o fiscal para pagamento desse valor faltante, assim tu não corre o risco de te cobrarem multas e juros do valor
- Aguarda o fiscal proceder os cálculos e deferir teu pedido.
Ressalto que esta é uma das formas de proceder, uma sugestão de procedimento. Pode ser que na tua prefeitura seja diferente.