Bom dia Jenifan
O que ocorre quando os produtos têm redução na base de forma que a carga tributária está reduzida, no preço do produto o ICMS embutido é o da carga reduzida, porém, se este produto está inserido no regime da ST, o benefício fiscal da redução se aplica somente sobre as operações próprias e não sobre o cálculo da ST, desta forma, o custo da ST para o comprador fica mais alto.
Pra ficar mais claro vou de te dar um exemplo de shampoo que está inserido no regime da ST em SP e tem redução na base de 33, 33%. Isso significa que a alíquota final do ICMS é 12%. Neste produto que estou usando como exemplo, este beneficio da redução na base é somente para a indústria (Cf Anexo II, artigo 34, RICMS/SP).
Valor produto: 100,00
base ICMS: 100,00 x 33,33% = 66,67
ICMS: 66,67 x 18% = 12,00 (ou 100,00 x 12% = 12,00)
Ou seja no preço deste produto foi embutido um ICMS de 12,00 (neste caso para o comprador ele está sendo menos tributado pelo ICMS) já que, se não houvesse esse benefício o ICMS seria 18,00.
Ocorre que ao calcular a ST, o ICMS próprio (que é o ICMS do fabricante por sua venda) é descontado do ICMS/ST (que é o imposto devido pelo comprador).
Calculando a ST: em SP este produto tem uma margem de 39,94%
BASE ST: 100,00 x 39,94% = 139,94 (observe que a base aqui é o valor do produto 100,00 e não a base reduzida de 66,67 porque o benefício fiscal se aplica somente na saída do fabricante e a ST é a saída do comprador).
ICMS: 139,94 x 18% = 25,19
ICMS ST: 25,19 - 12,00 = 13,19 (esse é o custo da ST para o comprador)
Se não houvesse o benefício, o ICMS no primeiro cálculo seria 18,00. Ao calcular a ST, seria: 25,19 - 18,00 = 7,19 (o custo da ST seria menor), em contrapartida no preço do produto também estaria embutido 18% de icms e não 12%.
Então o que se beneficia no preço do produto quando se tem redução de base, se aumenta no custo da ST.
E complementando, esse benefício também só se aplica nas saídas para contribuintes RPA. Nas saídas para Simples Nacional, o benefício da redução não se aplica.