Retornar mercadoria para a sede de uma empresa e industriali

Bom dia pessoal!
Agradeço se puderem me ajudar com uma dúvida:
Os fornecedores emitiram nota triangular: nos enviaram materiais com a nota de remessa para industrialização CFOP 5924 e a NF de venda/cobrança para a sede de uma empresa que fica na mesma cidade em que está a nossa.
Então agora nós precisamos emitir a nota fiscal de retorno de mercadoria CFOP 5925 para o proprietário da mercadoria. Até aí ok.
O problema é que a nota de industrializaçã do material, CFOP 6125 terá que ser faturada para a filial desta mesma empresa proprietária do material, com outro CNPJ pois a entrega será feita fora do Estado.

Podemos fazer isso? Retornar a mercadoria para a sede e faturar a industrialização para a filial em outro Estado? Ou o retorno de mercadoria e industrialização devem ser para o mesmo CNPJ?

Obrigada!