Cupom fiscal número sequencial

Boa tarde !!!!!!!!!!!

Nós importamos o cupom fiscal que o cliente nos manda por e-mail, e ao importar no sistema, observamos que as notas não vem com número do documento sequencial e o número do doc que o sistema puxa é diferente do COO, está correto ? Como posso solucionar isso ? Tem algum problema em deixar assim ? Como consulta esses cupons, não tem um meio igual nota eletrônica ? Obrigado