Caixa Negativo por Omissão de Vendas-Denuncia Espontânea

Bom dia a todos.

Um de nossos clientes esta com sérios problemas, ele deixou de emitir notas de venda para diminuir seu imposto, fato que o deixou com seu caixa negativo e seu estoque alto, quando apurei a situação, levei a ele todas a consequências que poderiam cair sobre sua empresa e decidimos sanar este problema da forma mais correta possível, fui então à delegacia fiscal da minha cidade e conversei com um fiscal, ele me orientou a fazer o seguinte;
*Solicitar ao Cliente uma contagem física do estoque.
*Pegar a diferença entre o contábil e o físico e apresentar uma denuncia espontânea.
Mas confesso que ainda possuo muitas duvidas quando a este processo, por exemplo;
*Como irei creditar a conta caixa, irei emitir uma nota com o valor da diferença apurada?
*Como será feita a apuração do imposto, com base na alíquota do simples que é de 8.28% ou na alíquota interna do ICMS que é de 17%?
Visto que nunca lidei com algo do tipo, gostaria muito da ajuda dos senhores, se puderem me explicar melhor como isso ira funcionar serei muito grato.

Att