Clara, Bom dia!
Aconteceu conosco isso então vamos lá:
O correto é voce realizar o recolhimento da GNRE para SC sim,com juros e multa.
Após o recolhimento efetuado voce pode solicitar o ressarcimento do valor pago a SP indevidamente, mas lhe aviso, o processo é burocrático e após toda comprovação junto ao Posto, é possivel que a empresa seja fiscalizada por eles para verificação se de fato o valor é devido.
Infelizmente isso aconteceu conosco,e o valor pago para SP foi R$ 5.000,00. O cliente apenas percebeu o erro na emissao das GNRE's após 1 ano de emissão de guias, e pelo processo ser como é, por opçao do empresário, não foi solicitada o Ressarcimento.
Mas fica a tomada de decisão conforme o critério de cada um. Segue link da SEFAZ SP com os procedimentos:
http://www.fazenda.sp.gov.br/guia/icms/restituicao_gare.shtm