Camila Stefano,
Você poderá emitir uma única NF-e no final do mês com o CFOP 5.929 (dentro do Estado) ou 6.929 (para fora do Estado). Então, você irá referenciar todos os numeros de cupons fiscais (de preferencia também com a informação da data) que totalizam esta nota, nas Informações complementares da Nota. Lembrando que, os produtos tributados você irá tributar normalmente na nota. Quando o seu escritório escriturá-las, irá escriturar no Livro Fiscal sem qualquer valor (mas isso é para o Escritório resolver. Eles saberão como tratar).
Obs.: essa operação não incide nenhum tipo de imposto, já que você vai estar pagando o imposto que aparecerá na Redução-Z, se a sua Empresa for RPA. Se a sua empresa for optante do Simples, ira desconsiderar o valor de ICMS destacado na Redução Z, já que você já paga um imposto simplificado em que já consta um percentual de ICMS.