ISS recolhido em município diferente do domicílio da empresa

Boa Noite. Estou com uma questão muito complexa e gostaria que alguém pudesse me ajudar.

Trabalho em um escritório na parte fiscal. Tem uma empresa nossa que em 2011 prestou serviços e recolheu o ISS para a prefeitura onde ela prestou o serviço. Agora a prefeitura do município onde a empresa possui o domicilio (que é diferente da onde foi prestado o serviço) exigiu que a empresa recolha este imposto de 2011 para ela. Fomos até a outra prefeitura que até aceitou devolver o dinheiro, porém fez uma série de exigências dentre elas que nós fizéssemos a retificação do DAS de 2011, informando a prefeitura do domicílio como a beneficiária do ISS. Fizemos este procedimento e a prefeitura devolveu o dinheiro para que a empresa possa pagar o ISS no outro município.
O problema é que ao retificarmos o DAS o sistema da receita reconheceu que o ISS está em aberto desde 2011 e isto gerou m ulta e juros.

Pergunto: Tem algum procedimento que a empresa possa solicitar para que a receita estorne juros e as multas visto que o cliente pagou o imposto, o que aconteceu é que ele teve que repassar para a outra prefeitura, restando apenas a pagar o valor do imposto.