Olá Luana
As hipóteses de estorno de crédito do ICMS permitidas pela legislação são:
a) Vier a perecer, deteriorar-se ou for objeto de roubo, furto ou extravio;
b) For objeto de saída ou prestação de serviço não tributada ou isenta, sendo esta circunstância imprevisível à data da entrada da mercadoria ou da utilização do serviço;
c) For integrada ou consumida em processo de industrialização ou produção rural, quando a saída do produto resultante não for tributada ou estiver isenta do imposto, sendo esta circunstância imprevisível à data de entrada da mercadoria ou à utilização do serviço;
d) Vier a ser utilizada em fim alheio à atividade do estabelecimento;
e)Para industrialização ou comercialização, vier a ser utilizada ou consumida no próprio estabelecimento;
f)For integrada ou consumida em processo de industrialização ou produção rural, ou objeto de saída ou prestação de serviço, com redução da base de cálculo, sendo esta circunstância imprevisível à data da entrada da mercadoria ou da utilização do serviço, hipótese em que o estorno deverá ser proporcional à parcela correspondente à redução; e
g)Estiver acobertada por documento fiscal que, após decorridos os prazos de que trata o § 2° do artigo 212-P, não tenha sido registrado ou apresente divergências entre os dados nele constantes e as informações contidas no respectivo Registro Eletrônico de Documento Fiscal (REDF).
Veja que seu caso não se encaixa em nenhuma das hipóteses. Inclusive você apropriou de um crédito não permitido em lei fazendo com que seu saldo credor amortizasse seu saldo a recolher nos meses em que houve recolhimento. Assim sendo, a forma legal de corrigir isso é retificar os lançamentos, as apurações e gia. Inclusive recolher com juros e multa o saldo que ficou devedor menor em função dos créditos indevidos.
Infelizmente é trabalhoso, mas é a forma correta. Quem te orientou a fazer um estorno na Gia encontrou a forma mais fácil, mas não tem embasamento legal. Alias qual seria o embasamento do estorno do crédito? Foi te passado algum pra analisarmos?
Base Legal: Artigos 67, caput e § 2º e 212-P do RICMS/2000-SP (UC: 13/02/14).
Complementando: supondo que você adquiriu um material de uso e consumo e portanto não se creditou do ICMS e por algum motivo precisou devolver o material, terá de destacar o ICMS em sua nota de devolução para que o fornecedor possa se creditar na entrada dele. Neste caso é que você deve fazer o estorno de débito do icms destacado em sua saída. Uma vez que não se creditou na entrada, mas teve que destacar na saída, pelo princípio da não cumulatividade cabe o estorno do débito.