Vanessa, boa noite.
Se você olhar a legislação específica do CT-e (AJUSTE SINIEF Nº 09, 25 DE OUTUBRO DE 2007) atualizada, não há nada específico sobre prazo para emissão de CC-e.
Assim como o antigo prazo estabelecido para a CCe da NF-e (30 dias) foi retirado do manual do contribuinte, imagino que não existam problemas em emitir a CC-e para o CT-e.
Evidente que é preciso analisar se os dados que seu cliente deseja corrigir afeta diretamente seus pagamentos de tributos e obrigações acessórias, pois nesse caso, você terá retificações e provavelmente multas envolvidas no processo.
Não trabalho em uma transportadora mas ultimamente tenho lido bastante sobre o assunto, pois as próprias transportadoras não tem acompanhado as atualizações da legislação do CT-e.
Vamos aguardar os comentários de mais alguns colegas do portal a respeito de sua dúvida.
Espero ter ajudado.
Att,
Luís Adriano