Compra de Mercadoria para Realização de Serviços

Boa tarde,

Alguém poderia me ajudar na situação abaixo?:

Uma empresa A comprou da empresa B materiais que serão utilizados em uma prestação de serviços na empresa C.
A empresa B emitiu NF-e para a empresa A.

O serviço que a A realizará na C, é fora de MT. E quem paga pelo material usado é a própria A.

Gostaria de saber se tem problema de cair na barreira com a NF-e em nome da A. E como fazer para dar baixa nesse estoque comprado, já que ela (A) não vende pra C, apenas utiliza.


Atenciosamente
Keittiane.