Mercadoria com ICMS retido por substituição em SP e não reti

Olá,
Estou fazendo lançamento de notas fiscais e surgiu uma dúvida.
Em SP uma mercadoria tem ICMS Substituição e foi paga guia GNRE sobre estas, mas quando chega ao estado do TO a mercadoria não é pelo regime ICMS Substituição Tributária e agora preciso emitir uma guia de ICMS Complementação de Alíquota do Simples Nacional, e como devo proceder nesse caso, devo incluir essa mercadoria na guia?!
Agradeço.