O principio é o seguinte:
valor da mercadoria
1.000,00(valor mercadoria) mais 40%(IVA) = 1.400,00
1.400,00 é a base do ICMS substituição que vai ser
1.400,00(base do ICMS substituição) X 17%(aliquota interna) = 238,00
se a NF veio destacado 12% de 1.000,00 que daria 120,00 o valor do ICMS será deduzido do valor ficando 238,00-120,00= 118,00
ficando assim: 1.000,00 mais 40% (IVA)= 1.400,00 x 17%=238,00 - 120,00(ICMS normal da NF)
OBS; fiz o calculo usando aliquota interna de Goiás, se não me engano sua aliquota interna é 18%.
basicamente fica assim, se a mercadoria for para revenda, compra-se por um valor, aumenta 40%(IVA) achando a base de calculo, com a base de calculo faz aliquota interna achou o valor do ICMS, deduz o valor do ICMS norma destacado na NF.