Prezada Michele, boa tarde.
É devido o diferencial de alíquotas sim. o diferencial de alíquotas neste caso é levado em consideração entre a alíquota interna e a alíquota interestadual resultante, caso o fornecedor fosse normal e não optante pelo simples nacional.
Resolução 94/2011 do CGSN.
Art. 5º A ME ou EPP optante pelo Simples Nacional deverá recolher os seguintes tributos, devidos na qualidade de contribuinte ou responsável, nos termos da legislação aplicável às demais pessoas jurídicas, além daqueles relacionados no art. 4 º : (Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 13, § 1 º , incisos I a XV):
X - ICMS devido:
h) nas aquisições em outros Estados e Distrito Federal de bens ou mercadorias, não sujeitas ao regime de antecipação do recolhimento do imposto, relativo à diferença entre a alíquota interna e a interestadual;
§ 2º A diferença entre a alíquota interna e a interestadual do ICMS de que tratam as alíneas "g" e "h" do inciso X do caput será calculada tomando-se por base as alíquotas aplicáveis às pessoas jurídicas não optantes pelo Simples Nacional. (Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 13, § 5 º )
Atenciosamente,