Ainda para complementar minha resposta anterior, segue abaixo o trecho retirado do próprio RICMS/SP (Decreto 45.490/00).
Art. 57
Artigo 57 - Na operação interestadual de devolução ou retorno, total ou parcial, de mercadoria ou bem, inclusive o recebido em transferência, aplicar-se-ão a mesma base de cálculo e a mesma alíquota constantes no documento fiscal que acobertou a operação original da qual resultou o recebimento da mercadoria ou do bem (Convênio ICMS-54/00).
O próprio regulamento do ICMS não deixa de mencionar a possibilidade da devolução ser PARCIAL. Não tem diferença em operação interna.
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O que pode ter acontecido é o seguinte. Quando se pesquisa à respeito desse tema (devolução), a maior parte das informações dizem que a devolução deve anular todos os efeitos da operação original/anterior.
De repente, com base nisso, o entendimento do seu professor foi que se a devolução dor parcial, não estaria anulando todos os efeitos. Porém, isso não está correto.
Anular todos os efeitos não quer dizer que deve-se anular TODA a operação. Os efeitos são relacionados a cada item, até mesmo por questão de cada um ter uma tributação e/ou finalidade específica para quem está recebendo ou remetendo.
Att.
Danilo Servilha