Ana Paula, boa tarde.
Entendo que, se a empresa é uma TRANSPORTADORA e emite CT-e/ CTRC (Conhecimento de Transporte Eletrônico/Conhecimento de Transporte Rodoviário de Carga) pode adotar o procedimento de tomada de crédito, conforme as regras do seu Estado. Se for do Estado de MG, há uma resposta na página da SEFAZ-MG:
28) Como se dará o aproveitamento do crédito relativo ao imposto incidente sobre a prestação de serviço de transporte rodoviário de cargas?
R: O valor do imposto será utilizado como crédito pelo tomador do serviço, quando estiver corretamente identificado:
I - no Conhecimento de Transporte Rodoviário de Cargas;
II - no documento de arrecadação utilizado para pagamento do imposto pelo transportador autônomo ou pela empresa transportadora de outra unidade da Federação, não inscritos como contribuinte neste Estado, quando não houver emissão de conhecimento de transporte;
III - na nota fiscal relativa à operação, quando a responsabilidade pelo recolhimento couber ao alienante ou ao remetente.
Fonte: www.fazenda.mg.gov.br
Há de se observar as outras modalidades de transporte (aéreo/multimodal/marítimo/ferroviário) se há a possibilidade de tomada de crédito. Acredito que seja válido uma consulta formal ao fisco local, detalhando a operação.
Att,