Orienta a fazer o que a Lei determina: tirar nota fiscal de tudo.
Claro que o cara vai falar que não dá, etc. e tal. Aí você fala que pelo menos o que movimentar no Banco, será necessário, caso contrário, não terá como fazer a contabilidade dele, vai apenas apurar os impostos e folha de pagamento.
O que ele faz é crime, e não há crime perfeito. Segundo o mundo de conto de fadas dos CRCs a gente deve entregar a escrita da empresa nesses casos, na vida real, a gente trabalha com o que o Cliente oferece de documentação para nós. O problema é se ele oferece a documentação onde você percebe que há um crime... Se de acordo com a documentação que vc recebe, não é possível determinar a existência do crime de sonegação, trabalha-se com o que tem.