Você deverá emitir nota fiscal complementar só com os campos que faltaram.
OBS: a maioria dos programadores não implementam seus sistemas corretamente e muitas pessoas não conseguem emitir a carta por conta disso.
Segue legislação.
Conforme Resolução N° 94/2011- CGSN , contribuintes Optantes pelo Simples Nacional deve mencionar em campos próprio o valor correspondente ao crédito e à alíquota de ICMS, Na hipótese de emissão de NF- e. (Art.58 Resolução N° 94/2011- CGSN, abaixo)
Estamos estabelecendo um prazo, para regularização. A partir de 01 Outubro NÂO aceitaremos Notas Fiscais emitidas com os valores a ser creditados em informações complementares, dos Fornecedores optantes pelo Simples nacional que estejam enquadrados nesta Resolução.
Art. 58. A ME ou EPP optante pelo Simples Nacional que emitir nota fiscal com direito ao crédito estabelecido no § 1 º do art. 23 da Lei Complementar n º 123, de 2006, consignará no campo destinado às informações complementares ou, em sua falta, no corpo da nota fiscal, a expressão: "PERMITE O APROVEITAMENTO DO CRÉDITO DE ICMS NO VALOR DE R$...; CORRESPONDENTE À ALÍQUOTA DE ...%, NOS TERMOS DO ART. 23 DA LEI COMPLEMENTAR N º 123, DE 2006". (Lei Complementar n º123, de 2006, art. 23, §§ 1 º , 2 º e 6 º ; art. 26, inciso I e § 4 º )
§ 1 º A alíquota aplicável ao cálculo do crédito a que se refere o caput , corresponderá ao percentual: (Lei Complementar n º 123, de 2006, art. 23, §§ 1 º , 2 º , 3 º e 6 º ; art. 26, inciso I e § 4 º )
I - previsto na coluna "ICMS" nas tabelas constantes dos Anexos I ou II, para a faixa de receita bruta a que a ME ou EPP estiver sujeita no mês anterior ao da operação, assim considerada:
a) a receita bruta acumulada nos 12 (doze) meses que antecederem o mês anterior ao da operação;
b) a média aritmética da receita bruta total dos meses que antecederem o mês anterior ao da operação, multiplicada por 12 (doze), na hipótese de a empresa ter iniciado suas atividades há menos de 13 (treze) meses da operação;
II - de ICMS referente à menor alíquota prevista nas tabelas constantes dos Anexos I ou II, na hipótese de a operação ocorrer no mês de início de atividade da ME ou EPP optante pelo Simples Nacional.
§ 2 º No caso de redução de ICMS concedida pelo Estado ou Distrito Federal nos termos do art. 35, a alíquota de que trata o § 1 º será aquela considerando a respectiva redução. (Lei Complementar n º 123, de 2006, art. 23, §§ 1 º , 2 º , 3 º e 6 º ; art. 26, inciso I e § 4 º )
§ 3 º Na hipótese de emissão de NF-e, o valor correspondente ao crédito e à alíquota referida no caput deste artigo deverão ser informados nos campos próprios do documento fiscal, conforme estabelecido em manual de especificações e critérios técnicos da NF-e, nos termos do Ajuste SINIEF que instituiu o referido documento eletrônico. (Lei Complementar n º 123, de 2006, art. 23, § 6 º ; art. 26, inciso I e § 4 º )