Troca Parcial de Mercadoria

Boa tarde!

Foi feito uma venda de shampoos e condicionadores, operação realizada dentro do estado de São Paulo, de uma Indústria para comercio varejista, e essa venda foi realizada a uns 6 meses, porém a mercadoria não foi vendida e ambas as empresas entraram em acordo em relação a troca dessa mercadoria.
A minha duvida é se essa operação pode ocorrer, se é legal, e como eu posso proceder, já que só uma parte da mercadoria que consta na nota fiscal original será trocada, ou se é melhor emitir uma nota fiscal de devolução parcial, e existe a questão do prazo também, que faz tempo que a operação original ocorreu e só agora irão realizar essa troca de mercadoria.

Obrigado!