Boa tarde,
Em meu modo de ver não haveria a gia retificadora. Bastará informar o valor pago indevido também em outros créditos abatendo do valor a pagar normalmente. Mas é necessário informar a Inspetoria da sua jurisdição, veja:
RESOLUÇÃO SEEF N.º 2.455 DE 30 DE JUNHO DE 1994
Art. 2.º Independe do pedido tratado no § 2.º do artigo anterior, o aproveitamento, como crédito do ICMS, da diferença equivalente ao recolhimento feito espontaneamente à maior que o valor do imposto devido, corretamente apurado na escrita fiscal do contribuinte, observado o disposto no inciso I do artigo 17.
§ 1.º O aproveitamento do crédito de que trata este artigo será comunicado à Inspetoria de jurisdição do contribuinte em 5 (cinco) dias a contar do encerramento do período de apuração em que for efetivado, através de requerimento dirigido ao titular da repartição fiscal, no qual será solicitada a convalidação do respectivo lançamento.
§ 2.º O crédito do ICMS referido neste artigo será escriturado no item 007 Outros Créditos, no livro Registro de Apuração do ICMS, mencionando o número do processo respectivo.
§ 3.º O não cumprimento do disposto no parágrafo 1.º ensejará a aplicação ao contribuinte da penalidade prevista no artigo 59, inciso V, da Lei n.º 1.423, de 27.01.1989, relativamente, ao valor creditado e não regularmente convalidado.
Att