Remessa por conta e ordem de terceiro, material extraviou pa

Boa tarde,
efetuamos uma venda por conta e ordem de terceiros, mas material referente à NF de remessa que eram 3 pç extraviou na transportadora e o cliente recebeu apenas 2pç e no conhecimento de transporte mencionou a falta da peça. A transportadora não localizou a mercadoria faltante e agora preciso enviar outra peça em substituição ao cliente. Qual o procedimento fiscal correto para regularizar a situação com cliente, pois preciso baixar o estoque e o cliente precisa fazer a entrada no sistema. Também tenho a situação com a transportadora que fara a indenização. Preciso emitir alguma NF pra ela?