Boa tarde, Jeane!
No plano federal, as entidades sem fins lucrativos que prestam serviços para as quais foram instituídas, estão isentas de impostos e, por conseguinte, desobrigadas à emissão de nota fiscal.
Em relação à legislação municipal, a regra geral é de que uma entidade sem fins lucrativos está isenta do ISS, desde que os serviços prestados não saia de sua finalidade estatutária. Assim, nesta hipótese, não é contribuinte do ISS e a emissão de nota fiscal não é obrigatória.
Sendo assim, para atender o tomador do serviço, a empresa poderia emitir fatura.
Caso o tomador exija nota fiscal, o melhor a se fazer e se dirigir a prefeitura onde a Associação está sediada e ver a possibilidade de emitir a nota de serviços avulsa. Mas lembrando que a Associação nem tem a obrigatoriedade de emitir nota, podendo emitir declaração ou até mesmo uma fatura.
Espero ter ajudado!
Abraço!