Boa tarde!
O colega Carlos foi perfeito na explicação, só vou complementar aqui uma parte importante nessa questão.
Lembrando que sou de MG, caso eu esteja errado o Carlos poderá te ajudar a compreender melhor.
A destinação dessa diferença de alíquota se aplica só as mercadorias adquiridas para Uso e Consumo e destinadas ao Ativo Imobilizado.
Caso você compre para revender o que eu acredito ser o ocorrido, você deverá fazer como o Carlos explicou: " Quando foi feita uma compra de outro estado e o produto não tiver ST o certo e consultar também para ver qual a alíquota do produto dentro do seu estado, caso o produto não tenha nenhuma isenção você recolhe a diferença."
Aqui eu acredito que ele não esteja se referindo a diferença de alíquota e sim a aplicação da substituição tributária, ou seja, se o remetente enviou a mercadoria sem o destaque do ICMS ST, mesmo que com o CFOP - 6102, você deverá fazer a devida consulta e verificar se há ou não a obrigatoriedade do recolhimento do imposto na entrada do produto na sua Unidade da Federação. Caso haja legislação pertinente que indique sua obrigatoriedade você deverá recolher a guia do imposto por ST como Substituto, quando a mercadoria vem pra você com o destaque você deve entender que você foi substituída.
Se você foi substituída nas operações subsequentes você deverá escriturar a mercadoria em seu livro fiscal expurgando o ICMS, pois o seu Fornecedor já fez o aproveitamento do crédito do ICMS no ato do recolhimento. E daí pra frente não há mais o que se falar em ST, você deverá emitir a NF de venda com o CFOP de substituição com CST 060, BC- ICMS ST e VR ICMS ST nas informações complementares citando a devida nota de origem. No caso em que você fizer o recolhimento, você também não vai aproveitar no livro fiscal o ICMS, fará o recolhimento aproveitando o crédito do imposto no calculo e tirando a nota de venda da forma descrita anteriormente. Lembrando que você deverá sempre consultar o Anexo XV do ICMS. Caso haja qualquer dúvida, ou o colega Carlos queira acrescentar o retificar qualquer argumento por mim exposto, esteja a vontade em faze-lo, pois é importante a troca de informações. Lembrando que essa prática é a que utilizo no meu estado que é MG, mas acredito não haver nenhuma diferença.