Entrada de Conhecimento de Transportes de devolução

Boa tarde!

Existe algum aparato legal onde eu possa lançar um conhecimento de transporte de devolução sem que a Nota Fiscal de devolução esteja lançada?

Tivemos um problema onde o cliente alega que a carga foi devolvida porém não recebemos esta mercadoria, a transportadora arcou com o valor da mercadoria mas disse que iria cobrar o frete de devolução. O problema é que eles emitiram um Ct-e com a chave de acesso da Nota Fiscal de Devolução, o mais viável não seria a transportadora ter emitido um complemento do preço do Conhecimento emitido para entrega no cliente?