Mayara, eu não entendi muita coisa nessa sua dúvida.
Nessa situação eu diria a você que estou confuso, pois a agência comprou a mercadoria e remeteu para o depósito.
A empresa da qual a agência comprou deveria arcar com o ICMS, pois foi compra de não contribuinte do ICMS.
Também tem essa situação:
DECRETO N° 60.499, DE 30 DE MAIO DE 2014
"§ 7° - Tratando-se de destinatário não contribuinte do imposto, a entrega da mercadoria poderá ser efetuada em qualquer de seus domicílios ou em domicílio de outra pessoa, desde que esta também seja não contribuinte do imposto e o local da entrega esteja expressamente indicado no documento fiscal relativo à operação, observando-se o seguinte:
1 - nas operações interestaduais, o local de entrega deverá estar situado na mesma unidade federada de destino;
2 disposto neste parágrafo não se aplica à mercadoria cuja entrega seja destinada a não contribuinte do imposto situado ou domiciliado no Estado do Mato Grosso." (NR);
Agora a remessa é isenta veja:
Seção II
Da Não - Incidência
Artigo 7° - O imposto não incide sobre (Lei Complementar federal 87/96, art. 3°, Lei 6.374/89, art. 4°, na redação da Lei 10.619/00, art. 1°, III; Convênios ICM-12/75, ICMS-37/90, ICMS-124/93, cláusula primeira, V, 1, e ICMS-113/96, cláusula primeira, parágrafo único):
NOTA - V. PORTARIA CAT - 26/99, de 03/05/99. Estabelece competência para o reconhecimento de isenções e imunidades nos casos que especifica. Revogada pela Portaria CAT 28/02
I - a saída de mercadoria com destino a armazém geral situado neste Estado, para depósito em nome do remetente;
II - a saída de mercadoria com destino a depósito fechado, localizado neste Estado, do próprio contribuinte;
III - a saída de mercadoria de estabelecimento referido no inciso I ou II, em retorno ao estabelecimento depositante;
IV - a saída de mercadoria, pertencente a terceiro, de estabelecimento de empresa de transporte ou de depósito, por conta e ordem desta, ressalvada a aplicação do disposto no inciso X do artigo 2°;
V - a saída de mercadoria com destino ao exterior e a prestação que destine serviço ao exterior;
VI - a saída com destino a outro Estado de energia elétrica ou de petróleo, inclusive lubrificante ou combustível líqüido ou gasoso, dele derivados;
Essa operação esta confusa, veja se a legislação esclarece alguma coisa.
Espero ter ajudado.