Bom dia Severino.
Não tenho a base legal de Campinas mas a diferença é que a Prefeitura determina que deve ser recolhido ISS quando o transporte é Municipal que deve ser registrado pela NF de serviço do Municipio onde a empresa está estabelecida.
Ja o Estado determina o recolhimento do ICMS quando o tranporte é de natureza Intermunicipal e Interestadual, logo se emite conhecimento de tranporte.
Base legal: Art. 1º do RICMS (abaixo texto na integra).
LIVRO I - DAS DISPOSIÇÕES BÁSICAS
TÍTULO I - DO IMPOSTO
CAPÍTULO I - DA INCIDÊNCIA
Artigo 1º - O Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação (ICMS) incide sobre (Lei 6.374/89, art. 1º, na redação da Lei 10.619/00, art. 1º, I):