simples faturamento e remessa para entrega com cnpj diferent

Boa tarde Senhores,

Emitimos uma nota fiscal de simples faturamento e posteriormente emitimos a nota fiscal remessa para entrega, o problema é que quando chegou no cliente o sistema dele não aceita, porque a nota fiscal de simples faturamento está no CNPJ da matriz e remessa para entrega CNPJ filial.

Tem alguma lei, decreto que fala a respeito? é legal fazermos isso? pois esse foi o primeiro cliente a reclamar.

Deste já muito obrigado