Belmiro,
A Pessoa Jurídica deve dar entrada por meio da NF Modelo 1 e não deve aceitar a nota fiscal modelo 2 de venda ao consumidor.
Feito isso, os ajustes devem ser feitos na contabilidade, o lançamento pela modelo 2, ao meu ver, para PJ fica errado.
Quando comprar via Cupom Fiscal, solicite a nota fiscal, que deve ser com saída 5.929/6.929, referente as compras feitas no cupom para sua empresa, caso contrário entendo que assim como a NF Modelo 2, não exigir a NF caracterizando que a operação foi feita por PJ, ficará inconsistente para o lançamento fiscal.