Boa tarde Tita,
Tudo bem?
Tita, recentemente pesquisei sobre o assunto e consegui chegar aos procedimentos, todos eles extraídos da Portaria CAT 76/2001.
Sim, você deverá emitir uma nota de saída na filial, mas não é necessário emitir nota de entrada na matriz. O valor transferido será lançado diretamente na Gia com os seguintes códigos:
I - no quadro "Débito do Imposto":
a) 002.18 - Transferência de saldo credor para estabelecimento centralizador;
b) 002.19 - Recebimento de saldo devedor em estabelecimento centralizador;
II - no quadro "Crédito do Imposto":
a) 007.29 - Transferência de saldo devedor para estabelecimento centralizador;
b) 007.30 - Recebimento de saldo credor em estabelecimento centralizador.
Espero ter ajudado.